O Ensino Fundamental na modalidade EJA é ofertado para estudantes que tenham ao menos 15 anos completos. O conteúdo ensinado é o mesmo da modalidade tradicional. A diferença é que cada ano equivalente à modalidade tradicional pode ser concluído em um semestre letivo; sendo assim, é possível fazer duas séries em apenas um ano.
Para quem está fora das salas de aulas, para conseguir a certificação de conclusão do Ensino Fundamental, é necessário fazer o Exame Nacional para Certificação de Competências de Jovens e Adultos (Encceja). É preciso ter, no mínimo, 15 anos completos na data da realização do exame em que se inscrever.
Já se o candidato tiver mais de 18 anos, ele pode fazer o exame diretamente para a certificação do Ensino Médio, mesmo que não tenha do Ensino Fundamental ainda; se atingir a pontuação mínima exigida, recebe os dois certificados juntos.